Es conocida la leyenda y la tradición que el día exacto de la fundación de la parroquia fue el 8 de febrero de 1232. Sin embargo, las primeras notas documentales de la iglesia de Santa Margalida datan del siglo XIV, momento en que hubo un incendio en el templo originario y se reconstruyó en el sencillo de las 1336. forestación: de pequeñas dimensiones, una sola nave, arcos apuntados y cubierta de madera.

Es en el siglo XVI cuando se realiza una gran reforma del templo, construyéndolo prácticamente de nuevo. Es el obispo Mons. Diego de Arnedo en una visita pastoral en 1572 quien así lo indica: visitando toda ecclesiam que casi de novo reedificatur. Se construyeron cuatro capillas, dos bóvedas, la trona y un portal. Las obras no terminaron aquí. Durante los siglos XVII y XVIII se siguió ampliando la iglesia. De hecho, es a finales del siglo XVII cuando se construye el actual portal mayor y la cabecera de la iglesia, dos cambios importantes que cambiarían la fisonomía del templo.

La parroquia de Santa Margalida destaca, entre otros, por el conjunto de retablos. Conserva el retablo gótico de Santa Margalida, obra del maestro de Santa Margalida, uno de los tres grandes maestros de la pintura mallorquina de la segunda mitad del siglo XIV. El triunfo del barroco llegó para permanecer en el siglo XVII, y supuso un momento álgido para la producción artística. Se pueden contemplar ejemplos de retablos barrocos en diferentes capillas, como pueden ser el de San Antonio, el Roser, el Mayor o el de San José.